购买疆内棉花的内地企业反映，担心新疆棉花运输出疆问题。因为前期抛储的陈棉等级结构不合理，部分有订单的大中型棉纺厂需要高等级棉花一周内抵厂，而疆内库点的棉花从竞买到运输到厂至少需要20天以上的时间。疆内某专门负责货运的贸易公司表示，4月下旬前主要运输国储棉，目前由于抛储疆内库点的新疆棉，代办的车皮费用也相应上涨，而且4月下旬至5月中旬前南疆空车基本都已安排库尔勒、阿克苏和巴楚三地仓库的国储棉，商品棉能否拿到车皮还很 难说。因此一旦疆内国储库轮出2012年度南疆库点的棉花，参与竞拍的内地棉纺织厂或将更少。一些疆内棉纺厂认为，资金问题是也是影响用棉企业参与国储棉竞卖的主要因素，希望上级部门能考虑给竞拍到国储棉的棉纺厂以一至三个月的货款回收帐期，解决现金流问题。
据了解，截止4月22日，阿克苏、喀什等地部分棉区棉农已播种结束（喀什地区播种较阿克苏早3－5天，主要是积温偏高），两地总体播种进度已到80%以上，25日前后基本可以扫尾。由于巴楚部分农场和监狱3月下旬就已开播，棉田的出现苗率已达到70%－80%，碱性大、粘土土质出苗在 60%左右。南疆截止目前总体气温比较正常，土壤墒情比较好，虽然遭遇两次降温和多次风沙天气，但由于棉农积极抗灾和巡视，影响并不大。据阿克苏的一些农民反映，由于今年4月份降雨降温比较少，棉花出苗率要明显好于2012、2011年，但按惯例5月份南疆经常会出现大风、倒春寒天气，因此现在抗灾形势并不乐观。5月份对棉农而言比较关键，一方面是天灾经常发生（有些地区或有雹灾）；另一方面棉田需要及时灌溉。